AFLP TEKNII PDF

Nesar The AFLP system presents good levels of precision in its genetic estimates and single crosses prediction. The past limitations associated with pedigree data and morphological, physiological and cytological markers for assessing genetic diversity in cultivated and wild plant species have tekknii been circumvented by the development of DNA markers such as restriction fragment length polymorphisms RFLPs; Botstein et al. In this method, co-occurrences are divided by the total number of evaluated loci excluding the negative co-occurrences and thus can be interpreted aglp the proportion of coincidences in relation to the total number of evaluated loci. Microsatellites SSRs occur frequently aglp most eukaryote genomes and can be very informative, multiallelic and reproducible Vos et al. Materials and methods Alfp material and DNA isolation Eighteen S 3 selected inbred lines from two divergent tropical maize populations eight from BR and ten from BR previously had their genetic distances surveyed using four different marker systems Lanza et al.

Author:Bratilar Kigajinn
Country:Nigeria
Language:English (Spanish)
Genre:Software
Published (Last):5 April 2004
Pages:170
PDF File Size:9.9 Mb
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ISBN:878-9-86133-141-7
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Durch Mutationen kommen neue hinzu oder es gehen welche verloren. Restriktionsenzyme es werden nur die des Typs II verwendet schneiden nur an bestimmten Stellen im Genom, die eine sogenannte Erkennungssequenz beinhalten.

Die benutzten Sequenzen sind 4 und 6, selten 8 Basenpaare lang. Nun erfolgt eine Reaktion Ligation genannt , in der Adapter an diese Enden angebracht werden. Die Fragmente bestehen nun aus einem Kern, der aus dem Restriktionsfragment besteht und zwei umgebenden Adaptern. Erste Amplifikation[ Bearbeiten Quelltext bearbeiten ] Wenn man ein Genom mit Restriktionsenzymen zerschneidet, entstehen tausende Fragmente, die recht schwierig auszuwerten sind. Er umfasst einen Teil des Adapters, die Schnittsequenz und im ersten Amplifikationsschritt eine oder zwei weitere Basen innerhalb des Fragments.

Dadurch selektieren diese Basen Fragmente, weswegen man auch von selektiven Basen spricht. Durch diesen Schritt kommt es zu einer drastischen Verringerung der Fragmente. Zweite Amplifikation[ Bearbeiten Quelltext bearbeiten ] Da die Anzahl der Fragmente immer noch sehr hoch ist wird ein weiterer Amplifikationsschritt nachgeschaltet.

In diesem werden meist jedoch drei, teilweise auch vier selektive Basen verwendet, sodass es erneut zu einer Verringerung der Fragmentanzahl kommt. Fragmente mit zwei Schnittstellen bzw. MseI-MseI werden nicht markiert, wodurch diese aus der Untersuchung herausfallen.

Fragmente mit beiden seltenen Restriktionsschnittstellen rare cutter, z. Nach der zweiten Amplifikation werden die markierten Fragmente mit Hilfe einer Elektrophorese aufgetrennt. Das kann z. Die einzelnen Fragmente werden dann mit einem Fotofilm bei radioaktiver Markierung oder mit Hilfe eines Lasers und einem Farbdetektor bei Fluoreszenzmarkierung sichtbar gemacht. Auch lassen sich durch die hohe Anzahl an Markern auch sehr nahe verwandte Arten phylogenetisch unterscheiden.

LEXMARK P315 MANUAL PDF

Amplified fragment length polymorphism

Durch Mutationen kommen neue hinzu oder es gehen welche verloren. Restriktionsenzyme es werden nur die des Typs II verwendet schneiden nur an bestimmten Stellen im Genom, die eine sogenannte Erkennungssequenz beinhalten. Die benutzten Sequenzen sind 4 und 6, selten 8 Basenpaare lang. Nun erfolgt eine Reaktion Ligation genannt , in der Adapter an diese Enden angebracht werden. Die Fragmente bestehen nun aus einem Kern, der aus dem Restriktionsfragment besteht und zwei umgebenden Adaptern. Erste Amplifikation[ Bearbeiten Quelltext bearbeiten ] Wenn man ein Genom mit Restriktionsenzymen zerschneidet, entstehen tausende Fragmente, die recht schwierig auszuwerten sind.

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AFLP TEKNII PDF

Kegor Because the mean is not a good indicator of central tendency for skewed data we calculated the minimum number of loci necessary for an accurate representation tekniii the genetic distances by fitting an exponential function based on the mean, median and maximum CV values of the genetic distances obtained by bootstrap sampling to the data for each marker, the results of this analysis being given in the Boxplots shown in Figure 3. For dominant markers, where the distribution is skewed towards lower genetic distance values, the use of mean or median CV values may lead to errors because some of the genetic distance values will not fall within the required level of precision. Although the AFLP markers gave the lowest mean PIC value they provided a similar degree of polymorphism information content to that provided by the RAPD markers, which agrees with the results published by Becker et al. However, these molecular markers have technical differences in terms of cost, speed, amount of DNA needed, technical labor, degrees of polymorphism, precision of genetic distance estimates and the statistical power of tests. In order to compare their relative efficiencies as markers and to find the most suitable marker for maize diversity studies we evaluated 18 inbred tropical maize lines using a number of different loci as markers. As expected, the PIC distributions revealed that, in terms of genetic distance, dominant markers had lower levels of polymorphism as compared to codominant markers. Differences in the distribution profiles also occurred between dominant and codominant markers, with dominant markers having higher standard deviations than codominant markers.

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Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)

Although the AFLP markers gave the lowest mean PIC value they provided a similar degree of polymorphism information content to that provided by the RAPD markers, which agrees with the results published by Becker et al. Ag Biotech News Inf 6: Introduction The past limitations associated with pedigree data and morphological, physiological and cytological markers for assessing genetic diversity in cultivated and wild plant species have largely been circumvented by the development of DNA markers such as restriction fragment length polymorphisms RFLPs; Botstein et al. Similar patterns were observed for both genetic distance and heterosis. Even though the CV values were not low enough to indicate a afpp level of precision the Sflp markers produced high, and the RAPD markers moderate, correlations between the genetic distance estimates and hybrid performance and heterosis for the BR intrapopulational crosses. For the AFLP method 20 primer combinations were used and binary scored 1 or 0 with each band being considered a locus while for the SSR method 68 polymorphic primers were tenkii with the binary data being converted into a genotypic matrix which was used to identify alleles and teknio respective loci. The SSR markers were promising in terms of the polymorphism and information content revealed, but may involve some additional initial costs associated with primer development. The RAPD markers were clearly the most distinct type of marker because the correlation tenkii involving this marker were equal to or lower than 0.

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